او مدرک کارشناسی‌اش را در سال 1954 از دانشگاه هاروارد دریافت کرد. او تحصیلات تکمیلی‌اش را در اقتصاد در دانشگاه شیکاگو پیگیری کرد. در این دانشگاه نیکسانن زیر نظر استادانی چون میلتون فریدمن و سایر اقتصاددانان برجسته که بعدها در اقتصاد، سیاستگذاری عمومی و حقوق کارهای انقلابی را با عنوان مکتب شیکاگو انجام دادند، تحصیل کرد. او در سال 1955 دوره کارشناسی ارشد و در سال 1962 نیز دوره دکترایش را به پایان رساند. موضوع پایان‌نامه دکترای او درباره اقتصاد فروش نوشیدنی‌های الکلی بود. نیسکانن پس از آنکه در سال 1972 دانشگاه واشنگتن را ترک کرد، به عنوان استاد اقتصاد وارد دانشگاه کالیفرنیا در برکلی شد. او در این دانشگاه تا سال 1975 باقی ماند تا اینکه در این سال به کارخانه فورد رفت. در مدت خدمتش در دانشگاه کالیفرنیا، برکلی به تاسیس دانشکده تحصیلات تکمیلی سیاستگذاری عمومی کمک کرد.
او زمانی که عازم کارخانه فورد شد، به عنوان رئیس اقتصاددان این کارخانه مشغول به فعالیت شد. در آن زمان ریاست کارخانه فورد بر عهده هنری فورد دوم و گردانندگی لی لاکوکا بود. او به خاطر فرهنگ سازمانی فورد و شکست آن به دلیل تبعیت از روندهای مبتنی بر مصرف‌کننده، به سرعت تبدیل به نقطه‌ای بحرانی شد که در این رابطه مساله‌ای همچون میل به استفاده از خودروهایی با مصرف سوخت کاراتر به خاطر افزایش قیمت گاز که ناشی از بحران عرضه نفت در دهه 1970 میلادی بود نیز نقش داشت. سرانجام کارخانه فورد در سال 1980 میلادی عذر نیسکانن را خواست و او از این شرکت اخراج شد. سپس او در دوره ریاست‌جمهوری رونالد ریگان به عضویت شورای مشاوران اقتصادی دولت درآمد. پس از آنکه نیسکانن در سال 1985 از مدیریت ریگان کناره‌گیری کرد، به موسسه لیبرتارین Cato پیوست و تا سال 2008 میلادی در این موسسه ماند. او همچنین از سال 2008 تا 2011 نیز رئیس بازنشسته موسسه Cato شد. قابل توجه است که نیسکانن به عنوان یکی از بسط‌دهندگان برجسته نظریه انتخاب عمومی نیز محسوب می‌شود. این اقتصاددان، سرانجام در 26 اکتبر سال 2011 میلادی در واشنگتن دی سی درگذشت.